史前一亿年

不久的未来，毒品泛滥已经失去控制，一种极易上瘾的非法药品“D药丸”在美国境内流行，政府当局只好利用高科技监视系统对抗失控的局面。卧底的缉毒探员弗瑞德（基努•里维斯 饰）化名巴布•亚特，试图追踪毒品来源，这样，他与小毒贩唐娜•霍桑（薇诺娜•瑞德饰）、吸毒者吉姆•贝芮斯（小罗伯特•唐尼饰）、厄尼•洛克曼（伍迪•哈里逊饰）、查尔斯•费克（罗瑞•考克兰饰）等人住在一起。但实际上，弗瑞德也被“D药丸”的毒瘾深深吸引。随着毒瘾越来越深，他逐渐模糊现实与虚假间的界线，失去神智的弗瑞德，不断追寻大毒枭的隐藏之处，毫不知情自己一直置身于幕后黑手的摆弄。

21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊…